Thuộc huyện Như Thanh và huyện Như Xuân, tỉnh Thanh Hóa. Nằm cách thành phố Thanh Hóa khoảng 36 km về phía tây nam. Tọa độ từ 19°31′ tới 19°43′ vĩ bắc và 105°25′ tới 105°38′ kinh đông.

Tổng diện tích là 14.735 ha, trong đó rừng nguyên sinh là 8.544 ha. Vườn quốc gia Bến En có địa hình nhiều đồi núi, có nhiều sông, suối và hồ Mực trên núi có diện tích 3000 ha có 21 đảo nổi giữa là một trong vườn quốc gia đẹp nhất Việt Nam.